生态环境协同共保，是长三角绿色、可持续发展的重要保障。长三角河湖密布，长江、淮河、钱塘江等水系横贯东西，大运河纵贯南北，太湖、洪泽湖、巢湖、千岛湖等湖库众多，水资源保护、水污染防治、水生态修复等压力相对较大。规划作为区域公共政策的一个重要组成部分，在推动生态环境共保联治方面同样大有作为。
1. 开展跨界流域的综合空间规划
流域是自然边界形成的汇水区域，是影响水生态环境的自然单元。流域上下游、左右岸、主干流等相关地区往往分属不同行政管辖，流域是解决水资源水环境的跨界纠纷难点的协同单元。为此，综合空间规划工作，可以打破行政管理边界，按照不同类型的小流域单元开展，把跨界水资源、水生态、水环境、水安全的系统治理工作与主体功能区以及“三区三线”的落实统筹在不同功能类型的流域中。其中，城镇空间和农产品主产区中以工农业开发为主体的小流域，可以考虑将农业农药化肥减量禁用、工业清洁生产、能源重置和城乡循环低碳社会与水环境治理的技术总集成应用为重点，进一步统筹产业结构调整、污染治理、生态保护、应对气候变化等；以自然生态保护为主体的小流域，需要将生物多样性保护和水源涵养作为重点，推动跨省市的水源涵养功能为主的小流域共保合作协议，探索建立跨省市的自然保护区，保护区域水资源和水安全。流域综合空间规划要坚持整体利益至上，增加一体化意识，水陆统筹、上下游协同，需要建立一种新型协商性规划机制，相关行政单元应当以平等身份和地位协商性开展这项工作。
2. 规划并持续拓宽生态产品价值实现路径，探索流域横向生态补偿保护机制，加快将生态优势转化为经济优势、发展优势
如“在太湖流域建立生态补偿机制”任务谈判博弈和具体推动均面临严峻挑战。规划可以在加强太湖流域水文和水资源利用过程的跨界经济—生态协同效应研究的同时，进行太湖流域水资源调用、洪水防御、供水保障、水生态环境修复治理、航运保障在相关跨界地区的统筹规划与综合评估，进一步明确三省一市的任务与责权利。同时，在科学研判基础上推动政府-市场互动的制度创新，优化工作协商机制，完善资金补偿、基金共建等多元合作方式。同时，拓展生态补偿领域，加快建立大气、固废领域的生态补偿机制，构建起以“山水林田湖草”生命共同体为核心理念的多层次全领域生态补偿制度机制体系。
3. 探索建立省部际、区域间协同的生态保护红线区域跨界衔接与整合优化的协商机制
当前，三省一市生态保护红线无缝衔接面临着各地国土空间规划“三区三线”刚性管控的制约，原则上不得调整；同时生态保护红线区域内严格禁止或限制建设性活动，导致部分生态修复工作无法有序开展。建议按照生态红线划定的行政层级探索差别化管理体系：针对全国统一划定的生态保护红线，推动一市三省与生态环境部、自然资源部等相关部委建立健全国家级生态保护红线区域的调整程序及机制；一市三省及毗邻地区之间探索建立省级及以下生态红线区域衔接及整合优化协商机制（平台），统筹考虑地方特色发展诉求和重大项目建设需求，建立区域统一的生态保护红线区域准入标准及负面清单；坚守“生态功能不降低、面积不减少、性质不改变”底线，推动生态保护红线区域内生态修复等相关工程项目有序开展；进一步处理好生态保护红线区域内不同类型区（如森林公园、风景名胜区等）管理边界及相关制度体系之间的协调与衔接。
4. 规划构建长三角区域生态环境共保联治技术支持体系
整合长三角的资源环境、人工智能、生命科学等研究力量，推动地球科学、环境科学、经济社会管理科学、生物化学技术科学以及大数据人工智能领域等多学科融合交叉，打造绿色创新科学技术研究基地，建设低碳减排及生态健康国家实验室，为区域、全国及全球可持续发展提供科学研究支撑，并助力实现区域绿色技术市场全链条全过程创新和绿色强劲活跃增长。