1、与时俱进的城乡活态遗产保护理论
阮仪三先生在上世纪90年代初提出的“保护古城，建设新区”的名城保护策略，在当时我国城市快速发展初期，对保护历史文化名城免遭破坏产生了重要的作用。平遥古城、苏州古城、潮州古城等一批国家历史文化名城就是因为运用这样的策略得以完整留存至今，成为我国历史文化名城整体保护的典型案例。
上世纪90年代中期，在江南水乡古镇的保护中，针对古镇如何发展阮仪三先生提出了“发展旅游、致富居民、振兴经济”的保护与发展并重的理念，使著名的“江南六镇”充分借助历史文化资源实现了发展转型。
随着名城名镇名村的保护在全国范围内展开，针对保护中出现的假古董、大量搬迁原住民、商业化过度等问题，阮仪三教授在上世纪90年代末提出了“原真性、整体性、可读性、永续性”原则，强调活态文化遗产的价值保护和环境保护，重视其“生活性”的延续，引发了学界对文化遗产保护科学性的讨论，大大地推动了我国城乡文化遗产保护学科和学术研究的发展。
21世纪以来，阮仪三先生将国际的保护方法、各国的保护机制和法律法规结合中国的具体情况，在诸多名城名镇名村的保护规划中应用实践。日本的“修景”方法和对木构建筑的保护方式、法国的“保护区”制度和“整体保护”的思想与方法等等，都被借鉴到我国的文化遗产保护中。
2、因地制宜的城乡保护实践
阮仪三先生持续将研究和实践相结合，基于他渊博的知识和执着的精神，在保护实践中“一地一策”，深入现场调研，充分理解当地的历史和文化，“因地施策”，使保护规划落地，并将规划、设计、旅游产业、民生保障和政策机制融合在具体的保护实践中。在周庄古镇、西塘古镇、乌镇古镇、上海里弄、上海新场古镇、绍兴历史文化街区、苏州平江历史街区等诸多保护规划设计和保护实施工程中，他持续跟踪多年，亲历遗产现场，对设计施工人员、居民群众、领导和管理部门悉心讲解、耐心辅导、言传身教，有效地传播了文化遗产保护的理念和方法。
3、意义与启示
阮仪三先生的城乡活态遗产保护学术思想是我国新时代历史文化遗产保护的宝贵经验，对研究活态文化遗产的保护与传承发展的中国路径具有很强的现实意义和价值。归纳起来有三个方面。
坚持保护与民生结合。活态文化遗产的社会性和生活性要求我们要更加关注居民的需求和社区的延续发展，通过历史建筑等遗产的保护和利用，将保护与更新相结合，将保护的理念和要求融入城市更新，充分保障民生需求，完善公共服务和居住环境，使当代的功能在历史文化环境中有序生长，保持生活的烟火气，满足人民群众日益增长的美好生活需求。
坚持保护策略的因地制宜。活态文化遗产的地域性和文化性要求我们在第一步制定保护规划中首先深入理解不同地方的历史文化价值特征和内涵，特别关注当地居民的文化传承观念和方式，不到处复制统一的体系和内容。在保护规划实施中注重当地人的力量，建立由当地人为主的保护机制和政策，鼓励当地人保护传承自己的文化遗产，保护传承我国丰富多元的文化遗产。
坚持保护与传承的统一性。活态文化遗产保护的核心是文化的可持续传承，应该将活态文化遗产资源整体纳入空间规划和城乡发展的资源要素体系中，通过保护规划将每项保护行动与人文资源的发掘、人文空间的营造以及日常社会经济活动融合在一起，并通过各地各类政策机制的适应性支撑和创新性扶植，将历史文化保护与传承有效结合，建设美丽中国，建设美好家园。